Middlemanで静的サイトを作成する際には、すごく単純なものでない限り、assetsは複数ファイルに書いたものをsprocketsでまとめるというのが普通なのではないかと思う。この時例えばproduction環境ではapplication.jsのみが欲しいという場合でも特に設定をしていないとbuild時に必要のないファイルも出力されてしまう。buildの際に不要なファイルを出力させないためには次の2つの方法があるよう。
1. ファイル名をアンダースコアで始める
アンダースコアで始まるファイルは無視される
2. config.rbで設定する
ブラックリストしか出来ないようだがconfig.rbに例えば
ignore /javascripts\/(?!application\.js).*$\Z/
等と書けばいい。